Tradycja głosi, że nazwa warowni, w swej pierwotnej formie brzmiąca Ociec, została nadana przez samego króla, na pamiątkę walki o tron krakowski jego ojca, Władysława Łokietka, który w okolicznych jaskiniach znajdował schronienie.
Ruiny zamku Ojców leżą na szczycie 36-metrowej skale, w środkowej części doliny Prądnika. Zbocza góry zamkowej porastają drzewa, lipy, grab, klon, jawor.
W świetle prac archeologicznych, zamek wybudowano w XIV wieku i nie ma obecnie podstaw aby stwierdzić, że w miejscu tym istniał wcześniej gród drewniano-ziemny. Budowę zamku zaczęto prawdopodobnie po 1354 roku z polecenia króla Kazimierza Wielkiego. Zamek po raz pierwszy wzmiankowano w 1370 roku, gdy wymieniono w jednym z dokumentów pierwszego burgrabię zamku o imieniu Zaklika. W dawnej Polsce burgrabia był urzędnikiem mianowanym przez władcę, odpowiedzialnym za obronę zamku. Pod koniec XVI wieku burgrabiowie podlegali starostom. Na ziemi małopolskiej istniały starostwa: krakowskie, sądeckie, bieckie, i oświęciomsko - zatorskie. Później z tego pierwszego krakowskiego wydzielono niegrodowe starostwo ojcowskie.
W 1397 roku wzmiankowano kapelana kaplicy zamkowej. Z tego okresu zachowała się wieża zamkowa oraz ostrołukowy gotycki przejazd w bramie zamkowej.
Zamek przed 1385 rokiem został za 500 grzywien za czasów Władysława Jagiełły oddany w dzierżawę (tenutę) Janowi de Kozcow, z prawem jej wykupu przez króla. Potem dzierżawili zamek kolejno: Piotr Szafraniec z Pieskowej Skały (1404-1406), Jan Mężyk z Dąbrowy (1406-1437), Mikołaj z Balic i Ossolina (1440-1459) oraz Zbigniew z Wodzisławia herbu Zadora (1485-1497), Adam Wodzisławski, Jan Boner (1515-1523), Andrzej Tęczyński (1525-1536).
Po 1536 roku zamek przeszedł w ręce królowej Bony Sforzy, która po 20 latach, w związku z wyjazdem do Włoch w 1556 roku, przekazała go Mikołajowi Płazie z Mstyczowa herbu Topór. W 1587 roku zamek trafił do Piotra Myszkowskiego herbu Jastrzębiec, a potem do jego syna Aleksandra Myszkowskiego.
W 1619 roku Aleksander Myszkowski sprzedał zrujnowany zamek Mikołajowi Korycińskiemu z Pilicy. W 1620 roku lustracja opisała zamek jako zrujnowany, jednak wkrótce nowy właściciel wyremontował go i wybudował od południowej strony nowy budynek na ruinie dawnego gotyckiego. Mikołaj Koryciński ozdobił zamek piękną polichromią, marmurami oraz rzeźbami.
W 1633 r. - sejm przyznał Mikołajowi zwrot wydatków na naprawę ważnej dla obronności kraju warowni ojcowskiej. Zamek nie został zniszczony w czasie Potopu szwedzkiego, na co wskazuje lustracja z 1660 roku. Szwedzi urządzili w nim magazyn broni i żywności.
Od 1676 roku starostwo ojcowskie było we władaniu najpierw Warszyckich, a później Męcińskich, od 1703 roku Morskich, od 1715 roku Łubieńskich i od 1756 roku Załuskich, którzy na zamku w 5 lipca 1787 roku podejmowali obiadem króla Stanisława Augusta Poniatowskiego.
W 1802 roku zamek został opuszczony, a spadkobierca Teofil Załuski wywiózł z niego ruchomości. W okresie rozbiorów ponownie zaczął podupadać. Konstanty Wolicki, który w 1829 roku nabył go od rządu rosyjskiego, rozebrał mury, ponieważ groziły zawaleniem. Pozostała ośmioboczna wieża, brama wjazdowa i mury obwodowe. Kilka lat później Ojców kupił Karol Szulc.
1835 r. - resztki zamku wykupił na licytacji Wojciech Prendowski. Zlecił on wykonanie pełnej odbudowy zamku architektowi Franciszkowi Marii Lanciemu, jednak projekt nie został zrealizowany. Prendowski z resztek murów zbudował karczmę, browar i inne budynki. Jego syn Henryk nie mieszkał już w zamku, odnowił jednak basztę i nadał jej inny wygląd co widać na starych rycinach. Kolejnymi właścicielami byli Przeździeccy i Krasińscy.
Nie został zrealizowany również projekt odnowy podjęty przez Ludwika Krasińskiego, który pod koniec XIX wieku został właścicielem Ojcowa. Krasiński jedynie odnowił wówczas bramę i obniżył w 1892 roku o ok. 6 metrów nadwątlone górne partie wieży głównej, z zamiarem ich odbudowy (niezrealizowanym).
W latach osiemdziesiątych XX wieku przeprowadzono renowację wieży, w której urządzono ekspozycję poświęconą historii zamku.
2006 r. - rozpoczęto długoletnie prace archeologiczne i zabezpieczające zamek. Pod kierunkiem dr. Michała Wojenki z UJ odkryto wiele zabytków ruchomych jak fragmenty ceramiki naczyniowej, kafli i przedmiotów metalowych. Jednak najciekawsze znalezisko to scytyjski grot strzały z VI wieku przed Chrystusem. Jest to najprawdopodobniej ślad po przejściu przez okolicę Ojcowa wojsk scytyjskich. Pod zamkowym brukiem odkryto też pozostałości starożytnej osady kultury łużyckiej, poza tym monetę polską z 1767 roku, brązowe haftki i szklane kule do gry.